TCGA癌症药理学数据资源全面介绍---癌症研究领域的全谱！

2006年，十二指肠恶性肿瘤基因序列由此可知谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划书以多形开放性粒状母细胞内肿（GBM）、脾点状细胞内恶性肿瘤（LUSC）和卵巢氯化钙开放性囊腺恶性肿瘤（OV）开始为期3年的实验区工程项目，2009年~2015年进一步展开。到工程项目累计，TCGA网络研究者兼职者已描绘了33种十二指肠恶性肿瘤多种类型10,000余可有症状的肾脏分子可外观上，并概念了很多肾脏分子可病症毒开放性。TCGA包含的确诊关键外观上代列于泛化的由此可知列于搜集。为确保亦然确用到这些具基因序列外观上的海量确诊由此可知列于，最近TCGA进行一批重大成果，发列于在CellPress旗下的期刊。

本文对4月末5日发列于Cell上的一文透过编译。文章阐述以OS（总肉食动物期）、PFI（无成效时近延迟）、DFI（无病症时近延迟）和DSS（病症症就其活）为四个主要确诊结果起始站的TCGA泛十二指肠恶性肿瘤确诊由此可知列于资源（TCGA-CDR）基准化由此可知列于库，并说明了了每种十二指肠恶性肿瘤多种类型的起始站用到决定。TCGA确诊由此可知列于可从基因序列由此可知列于共享空近（GDC）新闻网站App，所有的分子可由此可知列于在App。确诊由此可知列于和分子可由此可知列于用到同样的贴纸骨架，便于症状的确诊资讯和样品分子可由此可知列于结合。

TCGA泛恶性肿瘤由此可知列于库描述符外观上

由此可知1A为确诊由此可知列于结合和数据分析方法及4个主要确诊起始站引申和分析的示意由此可知,对33份初始申领和97份原先由此可知列于文件，共33种十二指肠恶性肿瘤多种类型111,60可有十二指肠恶性肿瘤症状的资讯透过了妥善处理。列于1为每个TCGA描述符的基本外观上。按原发肾脏样品根据分子可外观上选入每个描述符，皮肤黑色素肿（SKCM）的原发和移出炊两种多种类型都有，其它极极少数肾脏的原发与移出多种类型也有研究者。

由此可知1. 确诊由此可知列于结合和数据分析方法及4个主要确诊起始站引申和分析示意由此可知

列于1. TCGA 泛恶性肿瘤描述符外观上

确诊结果起始站OS、PFI、DFI和DSS

总肉食动物期（OS）很不可忽视，优点是概念OS血案时模糊开放性下限。但用到OS都以起始站或许削减确诊研究者，因为非恶性肿瘤案发时不一定能反映出肾脏生物学、洪水泛滥开放性或对病症患加重。用到OS或只需不够长的随访时近；很多确诊试验中都，多半采行相较随访时近较宽的DFI或PFI。针对原有TCGA确诊由此可知列于，要体认到短时确诊随访时近延迟在洪水泛滥开放性十二指肠恶性肿瘤多种类型结果的不可忽视开放性，因为或许几年内就注意到到确诊血案，在丧生前已显现出来病症情病症情恶化或成效。对洪水泛滥开放性过强的十二指肠恶性肿瘤多种类型，症状在数十乃至几十年后病症情恶化，随访期近或许仍未注意到必要血案以默许简单结果供判断。该数据分析的目的是检查和TCGA泛恶性肿瘤确诊镇痛检验的相较优势和不足，监督今后的数据分析和避开随访时近延迟时近不足等缺陷。

数据分析全部TCGA确诊由此可知列于后，结论如下：在由此可知列于可拿到时，OS、PFI及DFI相较精确，但多数完全只能估计参数DSS。由此可知1B为33种相异十二指肠恶性肿瘤多种类型的OS K-M曲线。尽管肉食动物数据分析不是TCGA主要最终目标，多数十二指肠恶性肿瘤多种类型肉食动物曲线与过往分析相同肉食动物起始站的实质上研究者完全相同，GBM、OV（2008, 2011）和低级别粒状肿（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好可有证。PFI、DFI和DSS的K-M曲线见由此可知1C–1E。

由此可知1 B-E确诊由此可知列于数据分析

基于每种十二指肠恶性肿瘤多种类型4个起始站的注意到时近计算出来大共约随访时近及血案或检查和的中都位时近（列于2）。所有肾脏的中都位随访时近为22.1个月末，但相异多种类型十二指肠恶性肿瘤该时近差异开放性极大；GBM和急开放性髓系肺癌症（LAML）最短共约12个月末，而肾嫌色细胞内恶性肿瘤（KICH）仅有共约48个月末。

列于2 总体中都位随访时近及4个起始站的血案与注意到中都位时近

破例用到的确诊结果起始站

确诊结果起始站选择取决于研究者最终目标、血案存量、描述符尺寸和结果由此可知列于质量。将这些方法和开发的其它方法都以为对单个病症症由此可知列于库的亦然确性和指明检查和，说明了在每种病症症多种类型中都用到每个结果起始站的决定及或许（列于3）。每种十二指肠恶性肿瘤多种类型的肉食动物起始站须要多于通过一个主要亦然确性和指明检查和才被拒绝接受。33种恶性肿瘤中都的13种用到全部4个起始站：食道尿路上皮恶性肿瘤（BLCA）、宫颈点状细胞内恶性肿瘤（CESC）、结肠恶性肿瘤（COAD）、食管恶性肿瘤（ESCA）、头颈部点状细胞内恶性肿瘤（HNSC）、肾细菌性细胞内恶性肿瘤（KIRP）、脾腺恶性肿瘤（LUAD）、LUSC、OV、胰腺恶性肿瘤（PAAD）、肉肿（SARC）、十二指肠腺恶性肿瘤（STAD）和子宫内膜恶性肿瘤（UCEC）。比如说，没一个起始站的有嗜铬细胞内肿和副神经节肿（PCPG）。淋巴肾脏弥漫大B细胞内淋巴肿（DLBC）、LAML和胸腺肿（THYM）仅有一个起始站；直至十二指肠恶性肿瘤多种类型2或3个起始站，但其中都一些持保留意见。最简单的是PFI，可无保留地破例给除LAML（无由此可知列于）、DLBC和KICH（谨慎用到）和PCPG（不破例）另有的4种肾脏。

列于3 起始站OS,PFI,DFI及DSS的分析与破例用到

亦然确性TCGA-CDR及案可有系统设计

在乳腺恶性肿瘤研究者中都，雌激素ER阴开放性症状确诊肉食动物期病症因比ER+肾脏症状差。分别用OS、PFI、DFI和DSS比较这两类肾脏症状的肉食动物期（由此可知3A–3D；曲线累计于10年随访时近，但用到整个由此可知列于库透过数据分析）。单因素所数据分析显示，用到PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）都以为确诊起始站，TCGA中都ER+乳腺恶性肿瘤症状比ER-症状有不够好的肉食动物期，但用到OS时两类症状近不普遍存在差异开放性(p = 0.097) 。此另有，两类症状的DSS（p = 0.009）有突出差异开放性，列于明DSS的潜在价参数。以上注意到得出结论了PFI和DFI是特定多种类型乳腺恶性肿瘤分子可研究者的不够好起始站。

由此可知3 亦然确性和系统设计实可有

此另有还亦然确性了洪水泛滥开放性GBM肉食动物结果起始站。TCGA中都GBM中都位OS为12.6个月末，介于先前美联社的基准病症患的12.1个月末和基准病症患联合替莫唑胺的14.6个月末彼此之近。中都位PFI是6.1个月末，介于先前美联社的基准病症患5个月末和基准病症患联合替莫唑胺的6.9个月末彼此之近。显然，TCGA由此可知列于库OS和PFI血案时近与文献赞同。再次印证OS和PFI都以为GBM分子可研究者的确诊起始站效度。

用Cox比可有或许开放性重回数学模型说明高期（III、IV期）相较低期（I、II期）十二指肠恶性肿瘤症状的或许开放性比（HR），亦然确性4个起始站的TCGA-CDR由此可知列于。由于DFI概念与其它结果的概念不赞同，对破例用到OS、PFI和DSS的14种多种类型十二指肠恶性肿瘤比较logHR（列于3）。随后仅有对满足Cox比可有或许开放性断言的病症症透过汇总（由此可知3E–3G）。结果列于明，14种多种类型十二指肠恶性肿瘤中都，除近皮肿（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素肿（UVM）另有，高期对比低期HR在3个破例起始站OS、PFI及DSS上微小偏高。采行配对样品的Wilcoxon秩和化验，当用到PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有突出差异开放性，显示病症症成效和肉食动物起始站在HR上普遍存在系统亦然确；OS与DSS彼此之近没突出差异开放性（p = 0.106）。对2个logHR参数的基准误透过变加权大共约说明Pearson就其系数， 由logHR估计参数的3种结果有极突出亦然就其：PFI和OS就其系数0.96（95%置信区近[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区近：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区近：0.61–0.98）。这些就其开放性潜在默许确诊现代用PFI，现代用OS和DSS要用起始站。

除了结合分子可由此可知列于，还无论如何数据分析首次病症患后无病症症状与非无病症症状是否是显现出来相异的新肾脏血案。TCGA-CDR中都29类十二指肠恶性肿瘤讯息运用于应对该或许，纳入症状从确诊到进行首治并翻倍无病症平衡状态多于活3个月末。以LUSC为可有，有289可有无病症症状和41可有长期非无病症症状，NTE亲率分别为21.8%和68.2%。用Cox比可有或许开放性重回数学模型，注意到在非无病症症状中都NTE或许开放性突出低于无病症症状（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR变不够q参数＜0.05）。在另另有21种十二指肠恶性肿瘤多种类型中都也有相同结果（列于4）。直至7种肾脏中都没注意到到这些差异开放性。我们也在分析是否是每个数学模型都满足比可有或许开放性断言，其中都有两个不符合，须要研究者时近依靠及多函数数学模型来寻找或许。

列于4 非无病症与无病症症状NTE发展对比

TCGA从全球数百个接入搜集患者，为应对确诊由此可知列于相异接入近的可比开放性，只需顾虑由此可知列于比较简单开放性、肾脏和症状外观上等。对每种病症症而言，我们对比了前两名备有患者数最多的该组织来源接入（TSS）与所有其它TSS的同种病症症及4个结果起始站（列于5）。

列于5 对来自前两位TSS的每个十二指肠恶性肿瘤多种类型研究者结果透过比较

对于GBM等富于洪水泛滥开放性的肾脏，前两位TSS（#1和#2）的发患者群与其它TSS来得相同的有OS、PFI和DSS，因血案过于极少难以数据分析不破例DFI要用起始站。BRCA等较低洪水泛滥开放性肾脏，强而有力破例用到PFI和DFI，但决定谨慎用OS或DSS分析。TSS #1的确诊由此可知列于造成不过于好的OS和DSS，但没注意到到PFI差异开放性；另另有，列于面上TSS#1有不够好的DFI结果，仅有显现出来3可有 DFI血案。这种列于里不一的成因列于明该接入的结果由此可知列于只需进一步分析。另一方面，TSS #2的4个起始站结果与其它地方赞同。

这个简单的结果比较列于明，当从特定结果数据分析适度TCGA的确诊由此可知列于时，须要顾虑TSS的就其讯息。由于年龄、肾脏分期/分级制度及病症患等因素所影响相异TSS患患者群的起始站结果，TSS可以都以为这些和不完全确诊注释等其它仍未测量差异开放性的替代。

潜在的群集因素所、竞争对手结果的

或许开放性及数学模型断言

对确诊肉食动物起始站数据分析来说，决定用到所妥善处理的全部确诊由此可知列于。但来得分子可/基因序列由此可知列于的结合数据分析，要注意两个方面。首先，破例意见基于终端肉食动物数学模型，以分子可病症毒开放性都以预报因子划定样品集，有或许破坏结果汇总的突出开放性差异开放性。因此，从互就其联的TCGA分子可由此可知列于或肾脏病症毒开放性TCGA-CDR结果由此可知列于中都得出的结论只需在实质上的肾脏由此可知列于库中都进一步得出结论。

第二，我们决定仅有用到原发肾脏的分子可由此可知列于，因为症状初诊时，不可忽视时近讯息等最简单的确诊由此可知列于已搜集相较比较简单。皮肤黑色素肿（SKCM）在TCGA肾脏多种类型中都十分特殊，470可有肾脏中都仅有103可有原发肾脏，其余296可有为原发肾脏暂时性肿瘤移出，68可有远端移出。这与甚极少搜集到移出肿的其它TCGA十二指肠恶性肿瘤多种类型形成鲜明对比。SKCM移出肿甚极少较强最简单的原发肾脏，而其它TCGA十二指肠恶性肿瘤多种类型尽管甚极少有移出肿，但都较强最简单的原发样品。因此，对于SKCM结果的就其开放性，决定只用到有限存量的原发患者，尽管SCKM肿瘤移出的III期患者可都以为实质上组群透过研究者。

在用到新结合的TCGA-CDR由此可知列于库时，还须要注意：潜在误读因素所、竞争对手结果的或许开放性及数学模型断言。

群集因素所

群集因素所普遍存在但被排除在数学模型之另有时，亦然确或许高估或低估真实镇痛。如在乳腺恶性肿瘤的人种差异开放性研究者中都，种族歧视与黑人症状彼此之近普遍存在不可忽视的基因列于达差异开放性，然而根据分子可病症毒开放性透过变不够后，这种差异开放性突出提高甚至消失。病症患精准度也是潜在的群集因素所，当讯息可换取时应适当顾虑变不够。病症患仍未知时，年龄、诊治医院及确诊年份等基准病症患都以为替代讯息能提高部分数值。对这方面的管理者建模，鼓励用到肾脏一个大病症因研究者决定调查报告（REMARK）。

竞争对手结果的或许开放性

测定DSS、DFI和PFI起始站时，要对没个人经历不可忽视血案且无病症的丧生症状透过审查。在这种完全，如果断言症状没其它案发时，那她/他最终仍或许死于十二指肠恶性肿瘤指征。然而，在估计参数病症患等预报因子对继发开放性十二指肠恶性肿瘤或心血管病症症等非净资产十二指肠恶性肿瘤丧生或许开放性的预报潜能时，该断言相当比如说。

数学模型断言

系统设计Cox比可有或许开放性（PH）数学模型只能检查和PH断言。除极少数案可有另有，大多数数学模型都满足Cox PH断言，但只需进一步追寻这些医护人员以探究有违断言的或许，从而对HR要用出不够准确的估计参数。尽管已经为清理由此可知列于和应对或许付出了很大努力，但仍普遍存在不可忽视的用到限制，出访TCGA确诊由此可知列于都只能了解这些限制。

首先，TCGA主要是为分子可研究者设计，起初患者选择来自多个机构较强不够好储藏该组织的仍未病症患原发患者，因此这些患者不构成连续开放性。此另有，对于每种相异肾脏多种类型/研究者，随访由此可知列于没标准化搜集。同时，确诊由此可知列于搜集的一些的系统在过往不得不随着时近的演进而改变。TCGA - CDR不包含十二指肠恶性肿瘤病症患巨著，并非所有患者都被注释。因此，数据分析特定肾脏多种类型或病症毒开放性的病症患背景远胜概况开放性泛恶性肿瘤数据分析。当症状透过就其病症患时，给与能用DFI和PFI起始站理论上数据分析。

其次，TCGA样品确诊随访根据当地妇产科的时近列于，或许为病症症或特定躯干的病症情恶化和患者不可忽视一个人平衡状态的记录，因此没TCGA指定的确诊随访计划书，仅有说明了工程项目主要强调的肾脏分子可外观上。

最后，大部分所有TCGA拿到的肾脏样品和基因序列及分子可由此可知列于来自新诊症状原发肾脏的单个切片，由此造成的基因序列和分子可由此可知列于不能在空近或时近任何方面说明捕获代列于另一症状结果函数的肾脏关联开放性。该或许不是TCGA独有的，任何静态原发开放性肾脏研究者都普遍存在。

展望

这项兼职是有巨著以来第一次进一步着重妥善处理TCGA泛恶性肿瘤确诊资讯。由此造成的TCGA-CDR的结果起始站与实质上非TCGA研究者结果赞同，指明该资源在空前影响力也的确诊尺度上备有了生物观测新视角。也要体认到TCGA-CDR的内在用到局限开放性及关键开放性监督和破例意见。已经十分明晰，人类病症症仍更进一步大影响力也的分子可研究者只能着重搜集确诊临床、病症患和原于血案由此可知列于，以坚持最高基准的确诊研究者。尽管有其局限开放性，TCGA-CDR备有了基准化由此可知列于库，以及清晰的4个确诊结果起始站假定，并应对了质量或许，从而在泛恶性肿瘤和个体水平上透过转化研究者。仍更进一步由此可知列于研究者的融汇将提高结果彼此之近的可比开放性，不够好地解释和默许重复。

参考资讯

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics